若公司正在注销流程中，您无法直接通过起诉将款项打入公司账户，需通过法律程序追偿，具体操作如下：

1. 立即申请财产保全
   若发现公司正在办理注销登记，您应第一时间向法院申请诉前财产保全或诉讼中财产保全，冻结公司名下银行账户、房产、车辆等资产。根据《民事诉讼法》第101条，诉前保全需在30日内起诉，否则保全措施将解除。此举可防止公司转移财产，为后续执行提供保障。

2. 起诉时追加股东为被告
   若公司已进入清算阶段，您可在起诉时将股东列为共同被告。根据《公司法》第183条及司法解释，若股东未依法清算即注销公司（如未通知债权人、虚假清算），您可主张股东对公司债务承担连带清偿责任。需提供证据证明股东存在过错（如未公告清算、隐匿财产等）。

3. 向清算组申报债权
   若公司已成立清算组，您应在收到清算通知后30日内，或自公告之日起45日内，向清算组申报债权。根据《公司法》第185条，清算组应登记债权并编制清单。若清算组未履行通知义务导致您未申报，您仍可主张清算组成员赔偿损失。

4. 申请强制执行与破产衔接
   若判决生效后公司无财产可供执行，您可向法院申请将公司移送破产审查。根据《企业破产法》第2条，若公司不能清偿到期债务且资产不足以清偿全部债务，法院将裁定受理破产。此时，您作为债权人可参与破产财产分配，优先于股东分配剩余资产。

关键提醒：公司注销后，其法人资格终止，您无法直接起诉公司，但可通过上述途径追究股东或清算责任人的责任。建议立即委托律师调查公司注销程序是否合法，并同步采取财产保全措施，以最大限度维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作步骤。