非法经营单位犯罪的认定及自然人独资企业的犯罪性质判定，可明确如下：
一、非法经营单位犯罪的认定
非法经营单位犯罪的认定，主要依据以下几个方面：
行为主体：
- 单位犯罪的行为主体是公司、企业、事业单位、机关、团体等具有独立法人资格的组织。
- 在非法经营活动中，若以单位名义实施，且决策过程体现了单位的整体意志，则可能构成单位犯罪。
决策机制：
- 单位犯罪通常经过单位内部的决策程序，如董事会决议、管理层会议等。
- 若非法经营行为是单位集体决策的结果，而非个人私自行为，则更倾向于认定为单位犯罪。
利益归属：
- 单位犯罪所得的利益通常归单位所有，用于单位的运营、发展等。
- 若非法经营所得归个人所有，则更倾向于认定为个人犯罪。
行为目的：
- 单位犯罪的行为目的通常是为了单位的整体利益或业务需要。
- 若非法经营行为纯粹是为了个人私利，则更倾向于认定为个人犯罪。
二、自然人独资企业的犯罪性质判定
对于自然人独资企业，在非法经营活动中，其犯罪性质通常判定如下：
一般不构成单位犯罪：
- 自然人独资企业由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，缺乏独立于投资人的集体决策机制。
- 在司法实践中，自然人独资企业实施的非法经营行为，通常按照个人犯罪来处理，而非单位犯罪。
特殊情况下的单位犯罪认定：
- 尽管自然人独资企业一般不构成单位犯罪，但在某些特殊情况下，如企业经过合法的组织形式变更等程序，具备了单位犯罪所要求的相对独立性和规范性，也可能被认定为单位犯罪的主体。
- 这需要具体案件具体分析，结合企业的实际经营情况、决策机制、利益归属等因素进行综合判断。
三、具体建议
对于自然人独资企业：
- 在经营过程中，应严格遵守法律法规，避免实施非法经营行为。
- 若确实需要从事某些特殊经营活动，应确保符合相关法律法规的要求，并咨询专业律师的意见。
对于涉嫌非法经营的单位或个人：
- 应及时咨询专业律师，了解自身的法律权利和义务。
- 积极配合司法机关的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。
- 根据律师的建议，制定合适的辩护策略，以维护自身的合法权益。
总结来看，非法经营单位犯罪的认定需要综合考虑行为主体、决策机制、利益归属和行为目的等因素。而自然人独资企业在非法经营活动中，一般按照个人犯罪来处理，但在某些特殊情况下也可能被认定为单位犯罪。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。