针对您提出的“股份公司关联交易中小股东怎么办”的问题，这确实是一个涉及公司治理和股东权益保护的重要议题。以下是我为您详细梳理的应对策略和建议：

首先，要明确的是，大股东通过关联交易损害小股东权益是违反法律规定的。关联交易本身并非绝对禁止，但必须遵循公平、公正、公开的原则，确保所有股东的利益不受损害。当发现大股东可能利用关联交易进行利益输送，损害小股东权益时，小股东可以采取以下措施：

1. 要求公司行使归入权：

   • 如果大股东因关联交易获得了不当利益，小股东可以要求公司将这部分利益归入公司，即行使归入权。这有助于恢复公司的财务状况，保护所有股东的共同利益。

2. 向监事会或监事提出书面请求：

   • 小股东可以向公司的监事会或监事提出书面请求，要求其对大股东的不当行为进行调查和纠正。监事会或监事作为公司的监督机构，有责任对公司的经营管理活动进行监督，确保公司行为的合法性和合规性。

3. 提起股东派生诉讼：

   • 如果监事会拒绝或怠于履行职责，小股东可以自己的名义向法院提起诉讼，这被称为股东派生诉讼。通过法律途径，小股东可以要求法院对大股东的不当行为进行裁决，并赔偿因此给公司造成的损失。

4. 依据公司章程或股东协议要求大股东承担违约责任：

   • 如果公司章程或股东协议中明确规定了关联交易的相关条款和违约责任，小股东可以依据这些规定要求大股东承担违约责任。这有助于通过合同条款来约束大股东的行为，保护小股东的权益。

5. 及时收集相关证据：

   • 在采取任何行动之前，小股东应及时收集相关证据，如关联交易的合同、财务凭证等。这些证据将有助于证明大股东的不当行为，并在法律诉讼中提供有力的支持。

综上所述，作为股份公司的小股东，在面对大股东通过关联交易损害自身权益时，应积极采取措施维护自己的合法权益。通过要求公司行使归入权、向监事会或监事提出书面请求、提起股东派生诉讼、依据公司章程或股东协议要求大股东承担违约责任以及及时收集相关证据等方式，小股东可以有效地保护自己的利益不受损害。