事业单位法人证上的举办单位一般不可以有两个。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

事业单位法人证的基本规定

事业单位法人证是事业单位依法设立并取得法人资格的凭证。在办理事业单位法人证时，需要明确填写举办单位，这是事业单位法人登记的重要环节。举办单位通常是事业单位的主管部门或出资人，负责事业单位的设立、管理和监督。

举办单位数量的法律限制

从法律层面来看，并没有明确的法律法规规定事业单位法人证上的举办单位必须为一个。然而，在实际操作中，由于事业单位的管理和监督需要明确的责任主体，因此通常只填写一个举办单位。这样做有助于明确管理责任，避免管理上的混乱和推诿。

多个举办单位可能带来的问题

1. 管理责任不清：如果事业单位法人证上填写了两个或更多的举办单位，那么在事业单位的管理和监督过程中，可能会出现责任不清、互相推诿的情况。这不利于事业单位的稳定运行和发展。

2. 决策效率低下：多个举办单位可能意味着在决策过程中需要更多的协商和沟通，这可能会降低决策效率，影响事业单位的及时响应和灵活运作。

3. 法律风险增加：在多个举办单位的情况下，如果发生法律纠纷或责任事故，可能会因为责任主体不明确而导致法律风险增加。

特殊情况下的处理

虽然一般情况下事业单位法人证上的举办单位为一个，但在某些特殊情况下，如联合举办、合作办学等，可能会涉及多个举办单位。在这种情况下，建议通过签订合作协议或联合举办协议等方式，明确各举办单位的权利、义务和责任，并在事业单位法人证上注明相关情况或附上合作协议作为备案。这样可以在保持管理责任清晰的同时，满足特殊情况下的需求。

建议与结论

1. 遵循常规做法：在大多数情况下，建议事业单位法人证上只填写一个举办单位，以明确管理责任和提高决策效率。

2. 特殊情况特殊处理：如果确实存在多个举办单位的情况，应通过合法途径明确各方的权利和义务，并在相关文件中进行详细说明。

3. 咨询相关部门：在办理事业单位法人证或涉及举办单位变更等事宜时，建议咨询当地的事业单位登记管理机关或相关部门，以确保合规性和避免潜在的法律风险。

综上所述，事业单位法人证上的举办单位一般不可以有两个，但在特殊情况下可以通过合法途径进行特殊处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。