多个城市的分店拖欠工资，劳动者是可以一起起诉用人单位的，但具体能否合并审理需视情况而定。以下从法律层面和实际操作层面为您详细分析：
法律层面
共同诉讼的依据：
- 根据《民事诉讼法》的相关规定，当当事人一方或双方为两人及以上，且诉讼标的是共同的，或者虽属同一种类但经法院认为能合并审理且当事人同意时，就构成共同诉讼。
- 在拖欠工资的案件中，如果多名劳动者都被同一家用人单位（即使其分店位于不同城市）拖欠工资，他们的诉讼标的就属于同一种类，因此符合共同诉讼的条件。
代表人诉讼：
- 劳动者可以推选代表人进行诉讼。推选出来的代表人需要向法院提交全体劳动者签名或盖章的授权委托书，然后代表全体劳动者参与诉讼活动，主张各项工资权益，如被拖欠的工资、经济补偿等。
实际操作层面
合并审理的可能性：
- 法院是否会将这些案件合并审理，需要根据具体案件情况来确定。如果法院认为合并审理更有利于查明事实、提高效率，且当事人也同意合并审理，那么法院很可能会选择合并审理。
- 但如果法院认为案件之间存在较大差异，或者合并审理可能会导致诉讼程序过于复杂、拖延时间过长，那么法院可能会选择不合并审理。
单独起诉的选择：
- 如果法院不宜合并审理，劳动者也可以选择单独起诉。通过法律途径维护自己的合法权益是每位劳动者的权利。
- 单独起诉时，劳动者需要准备充分的证据材料，如工资条、劳动合同、工作证等，以证明自己与用人单位之间存在劳动关系以及用人单位拖欠工资的事实。
实际操作建议
收集证据：
- 无论选择共同诉讼还是单独起诉，劳动者都需要收集充分的证据材料来证明自己的主张。这包括但不限于工资条、劳动合同、工作证、考勤记录等。
咨询律师：
- 在起诉前，劳动者可以咨询专业律师（比如我）的意见，了解自己的权利和义务以及诉讼的风险和收益。律师可以根据劳动者的具体情况提供个性化的法律建议。
注意诉讼时效：
- 劳动者需要注意诉讼时效的问题。根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者需要在规定的时效期间内提起诉讼或申请仲裁。
举例说明：假设小张、小李、小王分别在某公司的北京、上海、广州分店工作，但都被该公司拖欠了工资。他们可以选择一起起诉该公司，推选小张作为代表人进行诉讼。如果法院认为合并审理更有利于查明事实和提高效率，那么法院很可能会选择合并审理。但如果法院认为案件之间存在较大差异或合并审理可能会导致诉讼程序过于复杂，那么法院可能会选择不合并审理，此时小张、小李、小王可以选择单独起诉。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。