针对您提出的问题，即房产婚前有约定份额各占比50%，但在离婚起诉时男方声称首付是他付的，以下是我的详细分析：

1. 婚前约定份额的法律效力：

   • 婚前双方对房产份额有明确的书面约定，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么这份约定是具有法律效力的。
   • 在您的情况下，如果婚前确实有书面约定房产份额各占50%，那么这一约定应当被尊重并执行。

2. 男方首付支付情况的影响：

   • 男方声称首付是他付的，这并不影响婚前对房产份额的约定。除非双方在婚前约定中特别指明了首付支付与房产份额的直接关系（例如，约定谁支付首付谁就拥有更大份额），否则首付的支付情况通常不会改变原有的份额约定。
   • 如果男方能够提供证据证明首付确实是他单独支付的，并且双方在婚前没有对此进行特别约定，那么这可能会在财产分割时作为一个考虑因素，但不太可能直接改变原有的50%份额约定。

3. 离婚时的财产分割原则：

   • 在离婚时，房产的分割应当遵循双方婚前的约定（如果有的话）以及相关的法律规定。
   • 如果婚前有明确的份额约定，并且该约定合法有效，那么离婚时应当按照该约定进行分割。
   • 如果男方对份额约定有异议，并且能够提供充分的证据来支持他的主张（例如，证明婚前约定存在欺诈、胁迫等情形），那么法院可能会根据实际情况对份额进行调整。

4. 可能的法律后果与建议：

   • 如果双方能够就房产分割达成一致意见，那么可以通过协议离婚的方式来解决。
   • 如果双方无法达成一致意见，那么男方或女方都可以向法院提起诉讼，要求法院对房产进行分割。
   • 在诉讼过程中，法院会综合考虑双方的婚前约定、首付支付情况、婚姻期间的贡献以及其他相关因素来作出判决。
   • 建议：在处理此类问题时，最好能够保留好相关的证据材料（如婚前约定书、首付支付凭证等），以便在需要时能够提供有力的支持。同时，也可以考虑咨询专业的律师来获取更具体的法律建议和帮助。

总结来说，婚前对房产份额的约定是具有法律效力的，除非存在特殊情况（如欺诈、胁迫等），否则离婚时应当按照该约定进行分割。男方首付的支付情况通常不会直接改变原有的份额约定，但可能会在财产分割时作为一个考虑因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。