当补充协议变更管辖无效时，主合同管辖约定的效力通常会被视为无效，法院将按照一般管辖原则，即被告住所地或合同履行地来确定管辖法院。以下是对此问题的详细分析：
一、补充协议变更管辖无效的情形
在合同纠纷中，当事人可以通过补充协议变更主合同中的管辖约定。然而，如果补充协议中约定的管辖法院与合同争议没有实际联系，或者违反了民事诉讼法关于级别管辖和专属管辖的规定，那么这种变更管辖的约定将被视为无效。例如，当事人选择了一个既非原、被告住所地，也非合同履行地等与合同有实际联系的法院作为管辖法院，这样的约定通常会被认定为无效。
二、主合同管辖约定效力的分析
主合同管辖约定继续有效的观点：
- 有观点认为，当补充协议的管辖约定无效时，主合同中的管辖约定应继续有效。这是因为补充协议的无效并不影响主合同的效力，包括其中的管辖约定。然而，这种观点忽略了补充协议中双方当事人对管辖变更的合意，即使这种合意因违反法律规定而无效，但它仍然表明了双方对主合同管辖约定的否定态度。
主合同管辖约定无效的观点：
- 另一种观点，也是笔者赞同的观点，认为尽管补充协议的管辖约定无效，但双方当事人已有了改变主合同管辖约定的书面意思表示。这种意思表示虽然因违反法律规定而无效，但它却表明了双方对主合同管辖约定的否定。因此，在这种情况下，主合同中的管辖约定应被视为无效，法院应按照一般管辖原则，即被告住所地或合同履行地来确定管辖法院。
三、法律依据与实务操作
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。如果选择的管辖法院与争议没有实际联系，或者违反了级别管辖和专属管辖的规定，那么这种约定将被视为无效。
- 同时，根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民法典>有关担保制度的解释》的相关规定，债权人一并起诉债务人和担保人的，应当根据主合同确定管辖法院。这进一步支持了当补充协议变更管辖无效时，应按照主合同或一般管辖原则来确定管辖法院的观点。
实务操作：
- 在实务操作中，当遇到补充协议变更管辖无效的情况时，法院通常会审查主合同中的管辖约定以及补充协议中的相关内容。如果确认补充协议中的管辖约定无效，且双方当事人对管辖有变更的合意（尽管这种合意无效），那么法院将倾向于按照一般管辖原则来确定管辖法院。
四、建议与风险提示
建议：
- 在签订合同时，当事人应谨慎选择管辖法院，确保所选择的法院与合同争议有实际联系，并符合民事诉讼法的相关规定。
- 如果需要变更管辖约定，应通过合法有效的补充协议进行，并确保新的管辖约定符合法律规定。
风险提示：
- 如果补充协议中的管辖约定无效，可能会导致案件管辖的不确定性，增加当事人的诉讼成本和风险。
- 因此，当事人在签订合同时应充分考虑管辖问题，避免因管辖约定无效而带来的不必要的麻烦和损失。
综上所述，当补充协议变更管辖无效时，主合同管辖约定的效力通常会被视为无效。在这种情况下，法院将按照一般管辖原则来确定管辖法院。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。