针对您提出的“超过申请再审时限，发现当事人伪造证据如何处理”的问题，这是一个涉及民事诉讼程序和证据规则的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人申请再审通常需要在判决、裁定发生法律效力后二年内提出。这是为了维护法律关系的稳定性和诉讼效率而设定的时限。然而，当发现原判决认定事实的主要证据是伪造时，这一情况可能并不完全受上述时限的严格约束，但处理起来仍需谨慎。

一、超过再审时限的一般处理原则

在超过申请再审时限的情况下，如果当事人发现原判决存在错误，特别是因证据伪造导致的错误，其直接向法院申请再审可能会受到时限的限制。此时，法院可能会以超过再审申请期限为由，不予受理再审申请。

二、伪造证据的特殊处理途径

尽管存在时限限制，但伪造证据是严重的违法行为，它破坏了诉讼的公正性和诚信原则。因此，对于这种情况，仍有以下几种处理途径：

1. 向检察机关申诉：

   • 当事人可以向检察机关提出申诉，请求检察机关对原判决进行监督。虽然民事诉讼法对当事人向检察机关申诉的时限没有作出明确规定，但检察机关在办理此类案件时，也会考虑诉讼的时效性和法律关系的稳定性。
   • 检察机关在审查后，如果认为原判决存在错误，特别是因证据伪造导致的错误，可以根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，向法院发出再审检察建议，督促法院按照审判监督程序进行再审。

2. 法院自行启动再审程序：

   • 在某些情况下，法院也可能自行发现原判决存在错误，并主动启动再审程序。这通常发生在法院对案件进行复查或执行过程中，发现原判决可能存在重大错误时。

3. 通过其他法律途径解决：

   • 如果再审程序无法启动或再审后问题仍未得到解决，当事人还可以考虑通过其他法律途径来维护自己的权益，如提起新的诉讼或申请仲裁等。但需要注意的是，这些途径可能受到诉讼时效、仲裁协议等条件的限制。

三、具体案例分析

以您提供的案例为例，某农场在判决生效多年后发现李某提供的借据上“月息1.5%”字样系李某私自添加。在这种情况下，某农场虽然超过了申请再审的时限，但仍然可以向检察机关提出申诉。检察机关在审查后，如果认为借据上的月利息是后来添加的事实成立，且该事实对原判决的认定产生了重大影响，那么检察机关可以向法院发出再审检察建议。

四、建议与总结

1. 及时收集证据：在发现对方可能伪造证据时，应尽快收集相关证据，以证明原判决存在错误。
2. 咨询专业律师：由于法律程序复杂且专业性强，建议当事人在处理此类问题时咨询专业律师的意见。
3. 遵守法律程序：在处理过程中，应严格遵守法律程序和规定，避免因程序不当而导致权益受损。

综上所述，虽然超过申请再审时限可能会给当事人带来一定的困难，但当发现原判决认定事实的主要证据是伪造时，当事人仍可以通过向检察机关申诉等途径来维护自己的权益。同时，我们也应认识到伪造证据的严重性和法律后果，共同维护诉讼的公正性和诚信原则。