关于产学研协议盖章的问题，这主要取决于协议双方的具体规定以及相关法律法规的要求。一般来说，产学研协议作为具有法律效力的合同文件，其盖章方式需要遵循一定的规范。
首先，从常规做法来看，产学研协议通常会加盖双方的公章。公章是单位或组织在法律上具有最高效力的印章，代表单位或组织的正式意志和承诺。在产学研合作中，加盖公章可以确保协议的法律效力和双方的正式认可。
然而，在某些特定情况下，如高校或科研机构内部有专门的科研合同章，且该章在内部规定中具有与公章同等的法律效力，那么也可以使用科研合同章来盖章。但这种情况需要双方事先明确约定，并确保该章在法律上具有相应的效力。
具体到您提到的长春市工业领域产学研创新团队申报评选工作的通知中，明确要求企业与高校院所签订的产学研合作协议需要加盖高校院所公章或科研合同章。这进一步说明了在实际操作中，盖章方式需要根据双方的具体规定和相关法律法规来确定。
因此，对于产学研协议盖章的问题，建议您：
查阅双方协议：首先查阅产学研协议的具体条款，看是否有关于盖章方式的明确规定。
咨询法律顾问：如果协议中没有明确规定，或者您对盖章方式有疑问，建议咨询专业的法律顾问，以确保盖章方式符合法律法规的要求。
与对方沟通：与协议的另一方进行沟通，明确双方的盖章意愿和方式，确保协议的顺利签署和执行。
总之，产学研协议的盖章方式需要根据双方的具体规定和相关法律法规来确定，以确保协议的法律效力和双方的正式认可。