推定明知和明确明知在法律概念上并不完全相同，它们之间存在明显的区别。
首先，我们来明确一下这两个概念的含义：
明确明知：
- 明确明知指的是行为人对自己行为的性质、后果以及相关法律规定有清晰、直接的认识。
- 在这种情况下，行为人主观上具有明确的故意，即知道自己正在做什么，以及这种行为可能带来的法律后果。
推定明知：
- 推定明知则是一个相对复杂的概念，它通常出现在没有直接证据证明行为人“明确明知”的情况下。
- 推定明知是基于行为人的某些客观行为、表现或相关事实，通过逻辑推理和经验法则，推断出行为人主观上应当知道或能够知道某些情况。
- 推定明知赋予了行为人反驳的权利，如果行为人能够提出合理的解释或证据来推翻推定，那么推定就不成立。
接下来，我们分析一下这两个概念的区别：
主观认知程度：
- 明确明知要求行为人具有直接、清晰的主观认知。
- 推定明知则是基于客观事实和逻辑推理得出的主观认知推断，可能存在一定的不确定性。
证据要求：
- 明确明知通常需要直接证据来证明，如行为人的供述、证人证言等。
- 推定明知则是在没有直接证据的情况下，通过间接证据和逻辑推理来推断行为人的主观认知。
法律后果：
- 在明确明知的情况下，行为人通常需要承担更重的法律责任，因为其行为具有更强的主观故意性。
- 在推定明知的情况下，虽然行为人也可能需要承担法律责任，但考虑到推定本身的不确定性，法律责任可能会相对较轻一些，或者需要更多的证据来支持。
以您提到的案例为例，孙某虽然辩称不知道毕业证书系伪造，但其在取得毕业证书过程中存在诸多疑点，如未参加入学考试、未见过学校老师、未参加课程结业考试等。这些疑点构成了推定明知的基础事实，通过逻辑推理和经验法则，可以推断出孙某主观上应当知道毕业证书系伪造。尽管孙某否认这一点，但如果没有合理的解释或证据来推翻推定，那么推定就成立，孙某需要承担相应的法律责任。
综上所述，推定明知和明确明知在法律概念上并不相同，它们在主观认知程度、证据要求和法律后果等方面都存在明显的区别。