针对您提出的“申请人因合同纠纷可以申请查封自己应付的合同款项吗”这一问题，以下是我的详细解答：

在合同纠纷中，申请人通常不能直接申请查封自己应付的合同款项。查封作为一种财产保全措施，其目的在于防止对方当事人在纠纷解决过程中恶意处置财产，从而保障将来生效法律文书能够得以顺利执行。这一措施主要针对的是对方当事人的财产，而非申请人自身的财产。

具体来说，当一方认为另一方可能存在转移财产等损害其合法权益的行为时，可以向法院申请财产保全，其中包括查封对方的相关财产。法院会依据具体情况进行审查判断，若认为确有必要，便会作出查封裁定。然而，这一裁定是针对对方当事人的财产而言的，并不涉及申请人自身的财产。

对于您提到的“自己应付的合同款项”，这通常属于您应当履行的合同义务，而非您可以随意处置的财产。在合同纠纷中，即使您认为对方存在违约行为或其他问题，也不能直接通过查封自己应付的合同款项来解决问题。相反，您应当通过合法途径，如与对方协商、提起诉讼或仲裁等方式，来维护自己的合法权益。

当然，在某些特殊情况下，如果法院认为有必要对您的财产进行保全（例如，为了防止您转移财产以逃避可能的法律责任），并且符合相关法律规定的条件，那么法院可能会作出相应的保全裁定。但这种情况是极为罕见的，并且需要严格的法律程序和证据支持。

综上所述，申请人因合同纠纷通常不能申请查封自己应付的合同款项。在处理合同纠纷时，建议您遵循合法途径，通过协商、诉讼或仲裁等方式来解决问题，以维护自己的合法权益。