学校不让学生打耳洞，并不构成违法。具体分析如下：
法律法规层面：从《义务教育法》《未成年人保护法》到《中小学生行为规范》，均未明文禁止小学生打耳洞。这意味着，从法律的角度来看，学校没有违反任何法律规定来禁止学生打耳洞。
校规管理层面：学校作为教育机构，有权制定自己的校规来维护管理秩序。如果学校明确禁止学生打耳洞，并将此规定纳入校规之中，那么学生就需要遵守这一规定。否则，可能会面临学校的批评或处分。这并非法律层面的处罚，而是学校内部管理的一种手段。
健康风险考量：小学生耳部组织娇嫩，打耳洞确实存在引发感染、过敏等健康风险。学校出于对学生健康的考虑，可能会选择禁止学生打耳洞。这也是学校对学生负责的一种表现。
家长责任：家长是孩子的监护人，对孩子的健康负有监护责任。如果孩子因为打耳洞而引发健康问题，家长需要承担相应的后果。因此，家长在决定是否让孩子打耳洞时，也需要综合考虑健康风险、学校规定以及孩子的意愿等因素。
综上所述，学校不让学生打耳洞并不构成违法。这是学校基于校规管理、健康风险考量以及家长责任等多方面因素做出的决定。如果你对学校的具体规定有疑问或不满，建议与学校进行沟通，了解学校的具体规定和背后的考量因素。