针对您提出的“双方自愿但不知道是亲兄妹怎么判”这一问题，首先需要明确的是，婚姻关系中禁止近亲结婚，这是基于伦理道德和遗传学风险的考虑。以下是从法律角度对这一问题的详细分析：

1. 婚姻无效的认定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，直系血亲或者三代以内的旁系血亲禁止结婚。如果双方在不知情的情况下登记结婚，且后来发现存在近亲关系，那么这段婚姻关系在法律上是被视为无效的。
   • 婚姻无效的认定通常需要通过法律程序进行，由法院根据相关证据和法律规定作出判决。

2. 法律后果：

   • 一旦婚姻被认定为无效，双方将不再享有夫妻之间的权利和义务，包括但不限于财产分割、子女抚养等。
   • 对于因近亲结婚而生育的子女，法律上会给予一定的保护，但双方父母可能需要承担因近亲结婚可能带来的遗传学风险和社会责任。

3. 处理建议：

   • 如果双方发现存在近亲关系，应尽快向当地婚姻登记机关或法院申请宣告婚姻无效。
   • 在处理过程中，双方应保持冷静和理性，通过法律途径解决争议，避免采取过激行为。
   • 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到妥善保护。

4. 预防措施：

   • 在结婚前，双方应进行充分的了解和调查，包括家庭背景、血缘关系等，以避免类似情况的发生。
   • 社会也应加强对近亲结婚危害的宣传和教育，提高公众的法律意识和伦理道德观念。

综上所述，如果双方在不知情的情况下登记结婚且后来发现存在近亲关系，那么这段婚姻关系在法律上将被视为无效。双方应尽快通过法律途径解决争议，并采取相应的预防措施以避免类似情况的发生。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。