针对您提出的“员工虚开发票12000元怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，虚开发票是一种违法行为，不仅违反了税收法规，也可能触犯刑法。对于员工虚开发票的行为，其处罚会根据虚开发票的金额、情节严重程度以及是否构成犯罪等因素来综合判断。

1. 行政处罚：

   • 根据相关税收法规，虚开发票的行为会受到税务部门的处罚。一般来说，如果虚开发票的金额不超过一定数额（如1万元），可能会面临5万元以下的罚款。但在此案例中，员工虚开发票的金额为12000元，已经超过了这一数额，因此可能会面临5万元到50万元之间的罚款。
   • 此外，税务部门还可能会没收因虚开发票而获得的非法收入。

2. 刑事处罚：

   • 如果员工虚开发票的行为情节严重，且达到了犯罪的程度，那么将依法追究其刑事责任。
   • 根据《刑法》的相关规定，犯虚开发票罪且情节严重的，法庭可依法判处其两年以下有期徒刑、拘役或管制，并处以罚金。如果情节特别恶劣，法庭将依据相关法律法规，裁定在2年以上但不超过7年的期限内，判处相应的有期徒刑，并且仍需要承担罚金惩罚。
   • 在此案例中，虽然员工虚开发票的金额为12000元，但具体是否构成犯罪以及处罚的轻重，还需要根据案件的具体情况、员工的动机、行为后果等因素来综合判断。

3. 单位责任：

   • 如果虚开发票的行为符合单位犯罪的条件，那么法庭不仅会对单位施以罚金刑罚，同时也会对单位的直接负责人以及其他负有直接责任的人员进行相应的刑事处罚。

综上所述，员工虚开发票12000元的行为，可能会面临税务部门的行政处罚，包括罚款和没收非法收入。如果情节严重，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。因此，我建议您和您的员工都严格遵守税收法规，避免发生类似违法行为。如果已经发生，建议尽快咨询专业律师，了解具体的法律责任和应对措施。