关于检查机关自侦案件拘留的羁押期限，这是一个涉及刑事诉讼程序的重要问题。以下是我从专业角度给出的详细解答：

1. 一般羁押期限：

   • 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限通常不得超过二个月。这是自侦案件羁押期限的基本规定，适用于大多数情况。

2. 特殊羁押期限的延长：

   • 对于案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。
   • 对于特别重大、复杂的案件，如交通十分不便的边远地区的重大复杂案件、重大的犯罪集团案件、流窜作案的重大复杂案件以及犯罪涉及面广、取证困难的重大复杂案件，在符合相关条件并经过省、自治区、直辖市人民检察院批准或决定后，可以延长二个月。
   • 若犯罪嫌疑人可能判处十年有期徒刑以上刑罚，且上述延长期限届满仍不能侦查终结，同样经省、自治区、直辖市人民检察院批准或决定，可以再延长二个月。

3. 重新计算羁押期限的情形：

   • 在侦查期间，若发现犯罪嫌疑人另有重要罪行，自发现之日起应依照一般期限的规定重新计算侦查羁押期限。
   • 犯罪嫌疑人不讲真实姓名、住址，身份不明的，应对其身份进行调查。侦查羁押期限自查清其身份之日起计算，但不得停止对其犯罪行为的侦查取证。对于犯罪事实清楚，证据确实、充分，确实无法查明其身份的，也可按其自报的姓名起诉、审判。此时不受前述侦查羁押期限的限制。

4. 不计入侦查羁押期限的情形：

   • 对被羁押的犯罪嫌疑人作精神病鉴定的时间，不计入侦查羁押期限。其他鉴定时间则应计入羁押期限。

5. 审查批捕时的监督：

   • 人民检察院在审查批捕时，若发现公安机关的侦查羁押期限超过法定期限，应建议公安机关纠正。若建议不被接受，人民检察院可直接作出不批准逮捕的决定。

在实际操作中，自侦案件的侦查羁押期限是一个动态调整的过程，既考虑了案件的复杂性和特殊性，也确保了侦查活动的合法性和公正性。作为律师，我建议当事人在面临此类问题时，应积极配合侦查机关的工作，同时了解自己的合法权益，如有需要，可直接向我咨询相关法律问题。