当职能部门（尤其是行政机关）拒绝协助执行判决书时，您可以采取以下措施来维护自身合法权益：
一、了解法律规定与救济途径
法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第九十六条，行政机关拒绝履行判决、裁定、调解书的，第一审人民法院可以采取一系列措施，包括但不限于：
- 对应当归还的罚款或者应当给付的款额，通知银行从该行政机关的账户内划拨；
- 在规定期限内不履行的，从期满之日起，对该行政机关负责人按日处五十元至一百元的罚款；
- 将行政机关拒绝履行的情况予以公告；
- 向监察机关或者该行政机关的上一级行政机关提出司法建议。接受司法建议的机关，根据有关规定进行处理，并将处理情况告知人民法院；
- 拒不履行判决、裁定、调解书，社会影响恶劣的，可以对该行政机关直接负责的主管人员和其他直接责任人员予以拘留；情节严重，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
救济途径：
- 申请强制执行：您可以向第一审人民法院申请强制执行，要求法院采取相应措施迫使职能部门履行判决。
- 向上级机关或监察机关反映：您也可以向职能部门的上一级行政机关或监察机关反映情况，请求其督促下级职能部门履行判决。
二、具体应对措施
与职能部门沟通协商：
- 在采取法律手段之前，您可以尝试与职能部门进行沟通协商，了解其拒绝履行的原因，并寻求解决方案。虽然这一步并非必需，但有助于缓解矛盾，为后续的法律程序创造有利条件。
准备申请材料并提交法院：
- 如果沟通协商无果，您应准备充分的申请材料，包括判决书、职能部门拒绝履行的证据等，并向第一审人民法院提交强制执行申请。
配合法院执行工作：
- 在法院受理申请后，您应积极配合法院的执行工作，提供必要的协助和信息。同时，关注执行进展，及时了解执行情况。
关注后续处理结果：
- 如果职能部门在法院采取强制措施后仍不履行判决，您可以继续关注后续的处理结果。法院可能会采取更严厉的措施，如罚款、拘留等，以迫使职能部门履行判决。
三、注意事项
保留相关证据：
- 您在整个过程中应妥善保留与案件相关的所有证据，包括判决书、沟通记录、职能部门拒绝履行的证明等，以便在需要时提供有力的支持。
及时寻求法律援助：
- 如果您对法律程序不熟悉或遇到困难，应及时向我这样的专业律师咨询和寻求帮助，以确保自身权益得到有效维护。
面对职能部门拒绝协助执行判决书的情况，您应积极采取措施维护自身合法权益。通过了解法律规定与救济途径、采取具体应对措施以及注意相关事项，您可以更有效地应对这一问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。