1000元的代运纠纷是可以起诉的。以下是从不同角度为你提供的详细分析和建议：
一、法律角度分析
在民事诉讼领域，立案标准一般要求有明确的被告、具体的诉讼请求以及相应的事实和理由。对于金额，虽然各地标准可能不完全一致，但通常来说，只要满足上述基本条件，即使纠纷金额仅为1000元，法院也会予以受理。因此，从法律角度来看，你有权就1000元的代运纠纷向法院提起诉讼。
二、诉讼成本与效益分析
诉讼成本：起诉需要承担一定的诉讼成本，包括诉讼费、律师费（如果聘请律师的话）以及可能的时间和精力成本。对于1000元的纠纷来说，诉讼费相对较低，但仍然需要考虑是否值得为了这笔金额而投入这些成本。
诉讼效益：除了考虑诉讼成本外，还需要评估诉讼的效益。即，通过诉讼能否有效维护你的权益，以及胜诉后能否顺利执行判决。如果对方确实没有财产可供执行，那么即使胜诉也可能面临执行难的问题。
三、建议与策略
尝试协商或调解：在决定起诉之前，你可以先尝试与对方进行协商或调解。这不仅可以节省时间和成本，还有可能达成双方都能接受的解决方案。
准备充分的证据：如果决定起诉，你需要准备充分的证据来支持你的诉求。这包括但不限于合同、交易记录、沟通记录等。证据越充分，胜诉的可能性就越大。
注意诉讼时效：在提起诉讼时，一定要注意诉讼时效的问题。如果超过了诉讼时效，那么你的权利可能无法得到有效的保障。
咨询专业律师：虽然我在这里为你提供了基本的法律分析和建议，但每个案件都有其独特性。因此，在决定起诉之前，我建议你咨询一位专业的律师，以便得到更具体、更个性化的法律建议。
综上所述，1000元的代运纠纷是可以起诉的，但在决定起诉之前，你需要综合考虑诉讼成本与效益，并尝试通过协商或调解来解决问题。如果决定起诉，一定要准备充分的证据，并注意诉讼时效的问题。如果你有任何进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。