结论：法院羁押时人跑了，是否会有案底，需要分情况讨论。
如果逃跑者最终被捕并受到刑事处罚：
- 在这种情况下，逃跑者因为其犯罪行为（包括逃跑行为本身可能构成的犯罪，如脱逃罪）而受到刑事处罚，那么其犯罪记录将会被记录在案，形成所谓的“案底”。案底是指个人过去的犯罪或违法行为记录，是法律档案中的一部分，对个人未来的就业、社会活动等可能产生一定影响。
如果逃跑者一直未被捕，且未因其他犯罪行为受到刑事处罚：
- 从法律程序的角度来看，如果逃跑者一直未被捕，且没有因为其他犯罪行为而受到刑事处罚，那么其“案底”可能不会直接形成。但需要注意的是，逃跑行为本身可能构成脱逃罪，如果未来被捕并因此受到刑事处罚，那么仍然会有案底。此外，即使逃跑者未被捕，其逃跑行为也可能被记录在相关法律文书中，作为未来处理相关事宜的参考。
法律背景与建议：
- 逃跑行为不仅可能构成脱逃罪，还可能加重原罪行的刑罚。因此，对于被羁押的人员来说，遵守法律程序，积极配合调查，是明智的选择。
- 如果已经逃跑，建议尽快自首，争取从轻或减轻处罚。自首是法律上鼓励的一种行为，对于自首的犯罪分子，可以从轻或减轻处罚，甚至在某些情况下可以免除处罚。
- 对于个人来说，了解自己的法律权利和义务，遵守法律法规，是避免形成案底、维护个人声誉和未来发展的关键。
可能的法律后果：
- 如果逃跑者因逃跑行为或其他犯罪行为受到刑事处罚，将形成案底，对个人未来的就业、社会活动等可能产生不利影响。
- 逃跑行为还可能导致原罪行的刑罚加重，增加个人的法律风险和负担。
综上所述，法院羁押时人跑了是否会有案底，取决于逃跑者是否最终被捕并受到刑事处罚。但无论如何，逃跑行为都是不可取的，建议遵守法律程序，积极配合调查。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。