客运车运输卷烟是否违法，取决于运输的卷烟数量、目的以及是否遵守了相关法律法规。

一. 不违法的情况

1. 数量合规：根据相关规定，个人乘坐车、船、飞机等交通工具，跨地（市）携带卷烟的最高限量为每人次1万支（即50条）。如果客运车上运输的卷烟数量未超过这一限量，并且确系车上乘客个人正常自用，那么通常不构成违法。
2. 目的合法：若运输的卷烟仅供个人使用，而非用于销售等商业经营活动，且乘客能够证明这一点，那么运输行为也是合法的。

二. 违法的情况

1. 数量超标：如果客运车上运输的卷烟数量超过了每人次50条的限制，或者虽然数量未超标但存在多次、多件交寄等异常情况，那么可能构成违法。
2. 商业经营：如果运输的卷烟是用于销售等商业经营活动，且未取得相应的烟草专卖许可证，那么无论数量多少，都构成违法。烟草作为专卖品，未经许可从事相关经营行为将违反《烟草专卖法》。
3. 逃避监管：在运输过程中，如果存在逃避监管、故意隐匿卷烟等不正常情况，也可能被认定为违法。

三. 法律后果

如果客运车运输卷烟的行为被认定为违法，那么根据相关法律规定，将可能面临罚款、没收违法运输的烟草专卖品和违法所得等处罚。在某些严重情况下，甚至可能承担刑事责任。

我建议：在客运车上运输卷烟时，应严格遵守相关法律法规的规定，确保运输数量合规、目的合法，并积极配合相关部门的监管工作。如有进一步需要，您可以继续咨询我。