针对您提出的“医疗机构有劣药怎么处罚”的问题，以下是根据相关法律法规和实际案例给出的详细解答：

一、劣药的认定

根据《中华人民共和国药品管理法》第九十八条的规定，劣药是指药品成分含量不符合国家药品标准，或被污染、违反药品管理要求的药品。具体来说，以下情形之一的药品将被认定为劣药：

1. 药品成分含量不达标；
2. 药品在储存、运输过程中被污染；
3. 未标明或更改有效期、未注明或更改产品批号；
4. 超过药品标注的有效期；
5. 擅自添加防腐剂、辅料等着色剂；
6. 直接接触药品的包装材料未经批准；
7. 任何不符合药品标准的其他情况。

二、处罚依据与标准

对于医疗机构使用劣药的行为，将依据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定进行处罚。具体来说：

1. 基础处罚：没收涉案药品及违法所得，并处货值金额10-20倍的罚款。例如，在永昌县城关镇常家祥诊所使用劣药案中，诊所因使用超过有效期的药品被没收涉案过期药品，并处罚款6000元；在瓜州仁爱医院使用劣药案中，医院因同样行为被没收涉案过期药品，并处罚款15000元；在济宁微山县中医院使用劣药案中，医院被没收违法所得人民币1040元、剩余劣药“阿胶”共20克，并处货值金额四倍罚款人民币40000元。

2. 加重处罚：如果情节严重，如造成严重后果或多次违法，将吊销许可证，并对责任人处以收入30%-300%的罚款，并可能终身禁业。

3. 连带责任：提供储存运输便利者如果存在违法行为，也将受到处罚，最高可处违法收入15倍的罚款。

三、实际案例与启示

从实际案例中可以看出，监管部门对医疗机构使用劣药的行为采取了零容忍的态度，并依法进行了严厉的处罚。这些案例不仅警示了医疗机构要严格遵守药品管理法规，也提醒了广大患者要增强自我保护意识，选择正规医疗机构就医。

四、建议与措施

为了防止医疗机构使用劣药，建议采取以下措施：

1. 加强药品管理：医疗机构应建立健全药品管理制度，确保药品的采购、储存、使用等环节符合法规要求。

2. 提高人员素质：加强对医务人员的培训和教育，提高他们的药品管理意识和法律意识。

3. 加强监管力度：监管部门应加大对医疗机构的监督检查力度，及时发现并处理违法行为。

4. 增强患者意识：通过宣传和教育，提高患者对药品安全的认知度，鼓励他们积极参与监督。

综上所述，医疗机构使用劣药将受到严厉的处罚。为了保障患者的用药安全，医疗机构应严格遵守药品管理法规，加强药品管理和人员培训，同时监管部门也应加大监管力度，共同维护药品市场的秩序和患者的权益。