关于居间费是否从工程款里扣的问题，这主要取决于双方在合同中的具体约定以及工程款的支付方式。以下是从不同角度的分析：
合同约定角度：
- 如果在工程合同或居间合同中明确约定了居间费的支付方式和来源，那么应当遵循合同约定。例如，合同可能规定居间费由发包方直接支付给居间人，或者从工程款中预留一定比例作为居间费。
- 在没有明确约定的情况下，居间费的支付通常需要双方另行协商确定。
工程款支付方式角度：
- 工程款一般是根据工程进度、质量验收等情况逐步支付的。如果合同中没有特别约定居间费的支付方式，那么居间费通常不会自动从工程款中扣除，而是需要由支付方（如发包方或承包方）另行支付给居间人。
- 然而，在实际操作中，为了简化支付流程或确保居间人的权益，双方可能会协商将居间费纳入工程款支付计划中，但这种情况需要明确的合同约定或双方的一致同意。
法律风险与合规性角度：
- 无论居间费是否从工程款中扣除，都需要确保支付行为的合法性和合规性。例如，居间费的支付应当符合相关税收法规的要求，避免产生税务风险。
- 同时，双方在合同中应当明确约定居间费的金额、支付方式、支付时间等关键条款，以避免后续产生纠纷。
法律建议：
- 在签订工程合同或居间合同时，务必明确约定居间费的支付方式和来源，以避免后续产生不必要的纠纷。
- 如果双方协商决定将居间费纳入工程款支付计划中，应当在合同中明确体现这一约定，并确保支付行为的合法性和合规性。
- 在实际操作中，如果遇到居间费支付方面的问题或纠纷，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助和解决方案。
总之，居间费是否从工程款里扣主要取决于双方在合同中的具体约定以及工程款的支付方式。为了确保支付行为的合法性和合规性，并避免后续产生纠纷，建议在合同中明确约定相关条款。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。