在职务犯罪案件中，违纪款、违法款和犯罪所得款是三个不同的概念，它们所代表的严重程度和法律后果也是有所区别的。下面我将为您详细解析这三者的区别以及哪个更严重。

首先，违纪款是指因违反党纪、行政纪律而获得的财物，它主要适用于党员、公职人员、事业单位人员等。违纪款虽然违反了相关规定，但并未构成犯罪。处理违纪款时，通常需要上缴给单位或国库，并可能面临党纪处分，如警告、撤职甚至开除党籍。违纪款的处理并不影响刑事责任，但如果涉及职务犯罪，会移交监察机关进一步调查。从严重程度来看，违纪款相对较轻，因为它并未达到犯罪的标准。

其次，违法款是指违反国家法律法规，但尚未构成犯罪的款项。违法款的处理通常由监察机关依据《监察法》进行，可能面临政务处分，如记过、撤职、降级等，并被责令退还违法所得。违法款虽然违反了法律，但并未达到犯罪的程度，因此其严重程度介于违纪款和犯罪所得款之间。

最后，犯罪所得款是指通过犯罪行为获得的款项，它直接涉及刑事判决。犯罪所得款的处理直接影响刑期，如果未交清，可能影响量刑；服刑期间，如果未完全退缴，可能影响减刑。犯罪所得款是三者中最严重的，因为它直接关联到刑事犯罪，并可能导致严重的法律后果。

综上所述，从严重程度来看，犯罪所得款是最严重的，因为它直接涉及刑事犯罪；违法款次之，它违反了法律但尚未构成犯罪；违纪款相对较轻，因为它只是违反了党纪、行政纪律而并未构成犯罪。在处理这些款项时，务必谨慎行事，避免交错钱或盲目交钱，最好寻求专业法律顾问的帮助以确保每一步都符合法律规定。