针对您提出的“破产程序结束后，债权人能否就破产债权确认纠纷申请再审”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确破产债权确认纠纷的性质。这类纠纷通常发生在债务人进入破产程序后，是因破产程序而衍生出的诉讼。根据相关法律规定，这类诉讼应当在破产程序终结前提起。

接下来，我们分析破产程序终结后的法律效果。一旦破产程序终结，基于破产程序的不可逆性，适用《中华人民共和国企业破产法》提起破产债权确认之诉的特殊事实将不再存在。此时，债务人可能因和解协议通过或其他原因而得以继续经营，主体存续，但已不再处于破产程序中。

那么，在破产程序结束后，债权人是否还能就破产债权确认纠纷申请再审呢？

从法律程序的角度来看，再审通常是对已经发生法律效力的判决、裁定进行再次审理的程序。然而，在破产债权确认纠纷中，由于破产程序的终结，相关法律事实和法律关系已经发生了根本性变化。此时，债权人再依据《企业破产法》提起破产债权确认之诉已不具备法律基础。

不过，这并不意味着债权人在破产程序结束后就完全失去了救济途径。根据《民事诉讼法》的相关规定，债权人可以依据普通民事诉讼程序，对债务人另行提起债权给付之诉。这意味着，债权人可以通过民事诉讼的方式，要求债务人履行其债务。

具体到您提到的案例，上海某投资有限公司在破产程序终结后申请再审，但法院经审查认为，其再审申请不属于《民事诉讼法》规定的再审事由，因此驳回了其再审申请。这一裁定进一步印证了上述观点，即在破产程序终结后，债权人通常不能就破产债权确认纠纷申请再审，但可以依据《民事诉讼法》另行提起债权给付之诉。

综上所述，破产程序结束后，债权人通常不能就破产债权确认纠纷申请再审。但债权人可以依据《民事诉讼法》的规定，对债务人另行提起债权给付之诉，以维护自己的合法权益。