公司案件判决后支付给对方款项，是否由代理律师办理，这并非一个绝对的答案，而是取决于公司的具体安排和需求。以下是对这一问题的详细分析：

1. 公司自主决定：

   • 公司作为案件的当事人，有权自主决定如何支付判决后的款项。公司可以选择由财务部门直接处理，也可以委托代理律师进行支付。
   • 如果公司认为代理律师在案件处理过程中表现专业，且对案件情况有深入了解，可能会选择继续委托代理律师办理支付事宜，以确保支付的准确性和合规性。

2. 代理律师的角色：

   • 代理律师在案件处理过程中主要负责法律事务，包括起诉、应诉、调解、谈判等。在判决后，代理律师的主要职责通常已经完成。
   • 然而，如果公司希望代理律师继续协助处理支付事宜，代理律师可以在法律允许的范围内提供帮助，如审核支付文件、确保支付符合判决要求等。

3. 实际操作中的考虑：

   • 在实际操作中，公司可能会考虑支付的安全性、便捷性以及成本等因素。如果公司认为通过银行转账等电子支付方式更为安全便捷，且成本较低，可能会选择自行处理支付事宜。
   • 如果公司对支付流程不熟悉，或者担心支付过程中出现法律问题，可能会选择委托代理律师进行支付。

综上所述，公司案件判决后支付给对方款项是否由代理律师办理，取决于公司的具体安排和需求。如果公司有这方面的需求或疑问，可以直接向我咨询，我会根据公司的具体情况提供专业的法律建议。