在水库库尾取土是否违法，这主要取决于是否获得了相关部门的批准以及取土行为是否对水库的安全和管理造成了影响。一般来说，未经批准在水库库尾取土是违法的，因为这可能破坏水库的结构安全，影响水库的正常运行，甚至对下游的生态环境和居民生活造成威胁。

针对您提到的在水库库尾取土的情况，如果确实存在非法取土行为，相关部门会依法进行处理。处理流程通常包括以下几个步骤：

1. 发现与报告：

   • 水库管理单位或相关工作人员在巡查过程中发现非法取土行为。
   • 立即向当地水行政主管部门或公安机关报告。

2. 调查与取证：

   • 水行政主管部门或公安机关会派员到现场进行调查，收集证据，包括作案工具、取土现场照片、视频等。
   • 对涉嫌非法取土的人员进行询问，制作调查笔录。

3. 处理与处罚：

   • 根据调查结果，如果确认存在非法取土行为，水行政主管部门会依据相关法律法规（如《中华人民共和国水法》或地方实施办法）对当事人进行处罚。
   • 处罚措施可能包括责令停止违法行为、采取补救措施（如恢复土地原状）、罚款等。罚款金额根据违法情节的严重程度而定，通常在一万元以上五万元以下。

4. 执行与监督：

   • 当事人需要在规定时间内履行处罚决定，如缴纳罚款、恢复土地原状等。
   • 水行政主管部门会对处罚决定的执行情况进行监督，确保违法行为得到彻底纠正。

针对您提到的具体案例，蕉岭县水务局对在水库库尾非法取土的何某某进行了立案调查，并依据《中华人民共和国水法》对其作出了行政罚款人民币壹万元的处罚决定，同时责令其将涉案土地恢复原状。这一案例充分说明了未经批准在水库库尾取土是违法的，并会受到相应的法律制裁。

因此，我建议您如果需要进行取土等可能影响水库安全和管理的工作，一定要事先向当地水行政主管部门申请并获得批准，以确保您的行为合法合规。同时，也请您积极宣传和遵守相关法律法规，共同维护水库的安全和管理秩序。