公司案件判决后支付对方款项，是否由代理律师办理，需分情况讨论：

1. 若代理合同中有明确约定：

   • 在公司与代理律师签订的委托代理合同中，如果明确约定了代理律师负责包括判决后支付对方款项在内的后续事宜，那么公司可以委托代理律师办理支付款项的相关手续。这种情况下，代理律师会按照合同约定，协助公司完成款项的支付，并确保支付过程的合法性和合规性。

2. 若代理合同中未明确约定或约定不明：

   • 如果委托代理合同中未明确约定代理律师负责判决后支付对方款项的事宜，或者约定不明确，那么公司是否委托代理律师办理支付款项，将取决于公司的自主决定。公司可以选择自行办理支付款项的手续，也可以与代理律师协商，看其是否愿意提供额外的服务来协助完成支付。

3. 从实际操作和效率角度考虑：

   • 即使代理合同中没有明确约定，从实际操作和效率的角度来看，公司委托代理律师办理支付款项也是一个不错的选择。因为代理律师对案件情况比较了解，能够更快速、准确地完成支付手续，并避免因支付不当而引发的法律风险。

总结与建议：

• 公司案件判决后支付对方款项，是否由代理律师办理，主要取决于委托代理合同中的约定以及公司的自主决定。
• 如果合同中有明确约定，或者公司希望提高支付效率和避免法律风险，可以委托代理律师办理支付款项的相关手续。
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