当孩子父亲不愿意做亲子鉴定时，这确实是一个比较棘手的问题，但我们可以从多个角度来探讨解决方案。

首先，尝试沟通理解是非常重要的一步。您可以找一个合适的时机，与孩子父亲进行深入的交流，了解他拒绝做亲子鉴定的具体原因。也许他有一些顾虑或者担忧，通过沟通，我们可以尝试消除这些误解，让他明白亲子鉴定对于确认孩子身份、保障孩子权益的重要性。

如果沟通无果，我们可以考虑寻求第三方调解。比如，可以邀请亲友、单位领导、居委会或者专业的调解机构来介入，帮助双方进行协商。调解人员通常具有丰富的经验和技巧，能够更有效地化解矛盾，促使孩子父亲同意进行亲子鉴定。

在民事纠纷中，如果协商和调解都未能解决问题，且亲子鉴定对于案件的审理至关重要，那么您可以考虑向法院提起诉讼并申请强制鉴定。法院在审理此类案件时，会综合考虑各种因素，包括证据的充分性、鉴定的必要性和紧迫性等，来作出是否强制鉴定的决定。当然，这需要您提供充分的证据来支持自己的主张，比如出生证明、家庭照片、共同生活的证据等。

另外，根据相关法律规定，在特定情况下，法院可以根据其他相关证据推定亲子关系。比如，如果一方提供了必要证据证明亲子关系，而另一方无相反证据且拒绝做亲子鉴定，法院可能会推定亲子关系成立。这需要您在诉讼过程中积极收集、提供证据，以形成完整的证据链条。

在刑事纠纷中，如果亲子鉴定对于查明案件事实至关重要，而孩子父亲拒绝配合，那么司法机关有权依法进行调查和取证，甚至可能采取强制措施如拘传等，来强制其接受鉴定。

除了法律途径外，我还建议您考虑寻求专业心理支持。这类问题可能给您带来很大的心理压力，专业的心理咨询师能够帮助您应对情绪问题，保持冷静和理智。

最后，我想强调的是，尊重对方的选择也是非常重要的。尽管我们希望进行亲子鉴定以解决问题，但也必须尊重对方的意愿和选择。如果无法通过亲子鉴定来确认亲子关系，我们可以考虑其他方式来保障孩子的权益，比如通过法律途径来要求孩子父亲承担抚养义务等。

总之，处理孩子父亲拒绝做亲子鉴定的问题时，我们需要综合考虑多种因素，并根据具体情况采取相应措施。通过沟通理解、法律援助、证据考量及心理支持等多方面的努力，我们力求找到最合适的解决方案。