当税务机关起诉个体纳税人时，这通常意味着个体纳税人可能存在某些税收违法行为，税务机关已经通过法律途径来追究其责任。面对这种情况，个体纳税人应当采取以下步骤来妥善处理：

一、了解起诉原因

首先，个体纳税人需要明确税务机关起诉的具体原因。这可能包括但不限于未按规定进行税务登记、未设置或保管账簿、未按规定申报纳税、偷税、欠税且转移或隐匿财产、骗税、抗税等税收违法行为。了解起诉原因有助于个体纳税人更好地评估自己的法律风险，并制定相应的应对策略。

二、积极配合调查

在税务机关起诉后，个体纳税人应当积极配合税务机关的调查工作。这包括提供相关的账簿、凭证、合同协议等资料，以及如实回答税务机关的询问。通过积极配合调查，个体纳税人可以展示自己的诚意和合作态度，有助于减轻可能的法律后果。

三、寻求专业法律帮助

面对税务机关的起诉，个体纳税人应当尽快寻求专业的法律帮助。可以咨询具有税务法律经验的律师或税务机构，了解自己的法律权利和义务，以及可能的法律后果。律师或税务机构可以为个体纳税人提供法律建议，帮助其制定应对策略，并在必要时代表其出庭应诉。

四、准备应诉材料

在了解起诉原因和寻求专业法律帮助后，个体纳税人需要准备应诉材料。这包括但不限于答辩状、证据材料等。答辩状应当针对税务机关的起诉理由进行逐一回应，并阐述自己的观点和理由。证据材料则应当支持答辩状中的观点，证明个体纳税人的合法性和合规性。

五、出庭应诉

在准备好应诉材料后，个体纳税人需要按照法院的要求出庭应诉。在庭审过程中，个体纳税人应当保持冷静和理智，尊重法庭和对方当事人的权利，如实陈述事实和理由，并积极回应法庭的询问和对方的质证。

六、接受处理结果并履行义务

无论庭审结果如何，个体纳税人都应当接受法院的处理结果，并履行相应的法律义务。如果被判定存在税收违法行为，个体纳税人需要按照法院的要求补缴税款、滞纳金和罚款等，并改正自己的违法行为。如果被判定无罪或免于处罚，个体纳税人也需要继续遵守税收法律法规，确保自己的合法经营。

七、总结经验教训并加强合规管理

在处理完税务机关的起诉后，个体纳税人应当总结经验教训，加强自己的合规管理。这包括建立健全的财务管理制度、加强税务知识培训、定期进行税务自查等。通过加强合规管理，个体纳税人可以降低自己的法律风险，确保自己的合法经营和持续发展。

总之，面对税务机关的起诉，个体纳税人需要保持冷静和理智，积极配合调查工作，寻求专业法律帮助，准备应诉材料并出庭应诉。同时，个体纳税人也需要接受处理结果并履行相应的法律义务，总结经验教训并加强合规管理。