盖了公司的章主任签字一般情况下是有效的。具体分析如下：

一. 盖章与签字的法律效力

1. 一般情况：盖章与签字都是对文件内容表示认同的方式，公司印章代表单位意志，签名则代表个体意向。只要印鉴、签名真实且自愿，文件内容合法合规，那么文件就具有法律效力。在此情况下，盖了公司的章并由主任签字，若主任具有相应的签字权限，且文件内容无违法违规之处，则该文件有效。
2. 特殊情况：若存在欺诈、胁迫等违法违规现象，或者签字的主任并不具备相应的签字权限，亦或是文件所涉及的事宜超越了主任的职权范围，那么文件可能无效或效力有瑕疵。

二. 主任签字的权限问题

• 若主任是公司的法定代表人或经公司授权具有签字权限，则其签字与公司盖章结合，能使文件具有法律效力。
• 若主任并非法定代表人且无明确授权，则其签字可能不足以使文件生效，除非公司事后追认或文件内容本身不需要特定权限即可生效。

三. 综合判断

• 在判断盖了公司的章并由主任签字的文件是否有效时，需综合考虑盖章与签字的真实性、自愿性，文件内容的合法性，以及主任的签字权限等因素。
• 我建议，在签署重要文件时，应确保签字人具有相应的权限，且文件内容经过仔细审查，以避免潜在的法律风险。

综上所述，盖了公司的章并由主任签字的文件，在一般情况下是有效的，但具体效力还需根据具体情况进行综合判断。如有进一步需要，您可以继续咨询我。