针对您提出的“再审推翻原审判决，申请人已履行怎么办”这一问题，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

当再审程序推翻了原审判决，而申请人（在此情境下可能指原审判决中的被执行人，因为再审推翻原判可能意味着其原本的义务被取消或变更）已经履行了原审判决所确定的义务时，处理方式会依据再审的具体结果和相关法律规定来进行。

1. 原执行程序的结束：

   • 一旦再审裁定撤销了原判，原执行程序即告结束。执行法院会裁定暂停执行，以确保再审结果的权威性和公正性。

2. 已执行部分的处理：

   • 对于已经执行的部分，需要根据再审结果来判断如何处理。
   • 如果再审认定原审判决存在错误，且已执行的部分属于“错执行”，那么申请人（原被执行人）有权要求依法返还已执行的财产或款项。
   • 如果执行行为本身合法，但结果因再审而有所调整，那么可以根据再审判决来调整已执行的部分，比如通过返还部分款项或进行其他形式的补偿。

3. 恢复或变更执行：

   • 当事人（包括原审的申请执行人和被执行人）可以依据再审判决，向执行法院申请恢复或变更执行。
   • 执行法院会根据再审判决的内容，重新启动执行程序，确保当事人的合法权益得到妥善保障。

4. 执行回转程序：

   • 在某些情况下，如果再审发回重审且原判决已被执行，可能需要借助执行回转程序来处理已执行的部分。
   • 执行回转是指在执行结束后，因法定原因（如再审推翻原判）将已执行的财产部分或全部返还给被执行人。
   • 当事人需要向执行法院递交执行回转的申请，并附上相关证据。执行法院审核符合条件后，会责令获得财产的人归还财产或恢复原状。

5. 法律途径的解决：

   • 如果在执行回转过程中存在争议，当事人可以通过诉讼等法律途径来解决。
   • 此外，如果执行过程中给被执行人造成了损失，被执行人还有权根据具体情况申请国家赔偿。

综上所述，当再审推翻原审判决且申请人已履行时，处理方式会依据再审结果和相关法律规定来进行。重要的是要确保当事人的合法权益得到妥善保障，并通过合法的法律途径来解决任何争议或问题。