排污登记未延续但在立案时已完成延续，一般不需要处罚。具体分析如下：

根据《排污许可管理条例》及相关规定，排污单位应当在排污登记有效期届满前完成排污登记的延续。若排污单位未能在有效期届满前完成延续，但随后在立案调查前已经完成了延续手续，通常情况下，这不会被视为违法行为，因此不需要进行处罚。关键在于，排污单位是否及时采取了补救措施，即在立案前完成了延续，从而避免了违法行为的持续。

然而，值得注意的是，尽管在立案时已完成延续可能避免了直接的处罚，但排污单位仍然应当高度重视排污登记的时效性，确保在有效期届满前及时完成延续手续，以避免任何可能的法律风险。

此外，如果排污单位在有效期届满后长时间未进行延续，即使在立案前完成了延续，也可能面临生态环境主管部门的监督和管理，包括但不限于责令改正、警告等行政措施。因此，排污单位应当加强内部管理，确保排污登记的合规性。

综上所述，排污登记未延续但在立案时已完成延续，一般不需要处罚，但排污单位应当高度重视并加强排污登记的合规管理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。