刑事案件难结案的原因多种多样，以下从不同阶段和情况进行分析：
侦查阶段
- 案件复杂：一些刑事案件涉及多个犯罪嫌疑人、多起犯罪事实，或者犯罪手段隐蔽、复杂，导致侦查机关在收集证据、查明事实方面面临较大困难，从而延长了侦查时间。
- 证据收集难：证据是认定犯罪事实的关键，但在某些案件中，由于时间久远、现场破坏严重、相关人员不配合等原因，导致证据收集困难，侦查机关需要花费更多时间和精力去寻找、固定证据。
- 办案期限限制与延期：虽然侦查机关有办案期限，但在特殊情况下，如案件复杂、涉及面广等，经上一级人民检察院批准，可以延长侦查羁押期限。这在一定程度上也导致了案件结案时间的延长。
审查起诉阶段
- 事实证据问题：检察院在审查起诉时，如果发现案件事实不清、证据不足，会退回侦查机关补充侦查。补充侦查的次数和期限都有明确规定，但每次补充侦查都会导致案件结案时间的延长。
- 法律适用争议：对于一些新型犯罪、疑难复杂案件，在法律适用上可能存在争议，检察院需要花费更多时间去研究、论证，从而影响了案件的结案时间。
审判阶段
- 新情况延期审理：在庭审过程中，如果出现新的事实、证据，或者需要通知新的证人到庭、调取新的物证等，法院可以决定延期审理。这同样会导致案件结案时间的延长。
- 案件性质严重复杂：对于可能涉及死刑、附带民事诉讼，或因特殊缘由导致案件性质极为严重且复杂的重大案件，短期内难以完成审判。在此情况下，须经最高人民法院正式批准，方可适当延长审理期限，以确保司法公正与效率，保障案件质量。
- 改变管辖与补充侦查：人民法院改变管辖的案件，从改变后的人民法院收到案件之日起计算审理期限；人民检察院补充侦查的案件，补充侦查完毕移送人民法院后，人民法院重新计算审理期限。这些情况也会导致案件结案时间的延长。
其他因素
- 当事人不配合：在刑事案件中，如果当事人（包括犯罪嫌疑人、被告人、被害人等）不配合调查、审理工作，如拒绝提供证据、不按时到庭等，也会导致案件结案时间的延长。
- 外部干扰：虽然这种情况较为少见，但在某些特殊情况下，外部干扰（如政治因素、社会舆论等）也可能影响案件的结案时间。
针对刑事案件难结案的问题，当事人或相关人员可以向办案机关了解进展，询问未结案的原因。若认为存在超期办案等违法情况，可通过合法途径反映，如向该机关的上级部门申诉，或向同级检察院的刑事申诉部门反映，由其进行法律监督，督促依法处理案件，保障当事人合法权益。
总之，刑事案件难结案的原因涉及多个方面，需要综合考虑各种因素。如果您有具体的刑事案件问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。