当公司法关于股权转让的规定与股东之间的特别约定发生冲突时，我们首先需要明确一点：股东之间的特别约定，在不违反法律强制性规定的前提下，是优先于公司法的一般规定适用的。接下来，我会从几个方面详细解释这个问题：

1. 法律优先原则与意思自治原则：

   • 公司法作为法律，具有普遍约束力，但其规定多为原则性、框架性的。
   • 股东之间的特别约定，体现了股东的意思自治，是股东根据自身情况和商业判断作出的具体安排。
   • 在不违反法律强制性规定（如损害国家、社会、第三人利益等）的前提下，特别约定应优先适用，以尊重股东的自主决策权。

2. 特别约定的效力：

   • 特别约定通常会在公司章程、股东协议、股权转让协议等文件中明确。
   • 这些文件一旦签署并生效，就对签署的股东具有法律约束力。
   • 如果特别约定与公司法的规定不一致，且不违反法律强制性规定，那么应当按照特别约定的内容执行。

3. 冲突解决机制：

   • 当冲突发生时，首先应查看特别约定中是否有关于冲突解决的条款。
   • 如果没有，或者条款不明确，股东之间应通过协商、调解等方式解决争议。
   • 如果协商不成，可以依据公司章程或相关协议约定的争议解决方式（如仲裁、诉讼等）来寻求法律救济。

4. 法律咨询的必要性：

   • 在处理此类冲突时，由于涉及复杂的法律问题和商业利益，建议股东及时咨询专业律师。
   • 律师可以根据具体情况，为股东提供针对性的法律分析和建议，帮助股东更好地维护自身权益。

综上所述，当公司法关于股权转让的规定与股东之间的特别约定发生冲突时，应首先尊重股东的意思自治，优先适用特别约定。但特别约定必须遵守法律的强制性规定，不得损害国家、社会、第三人的利益。如果冲突无法自行解决，建议股东及时寻求专业律师的法律帮助。