关于“落户协议是否有合法性”的问题，首先我们要明确“落户协议”通常指的是在落户过程中，相关当事人之间可能签订的一种协议，用于明确各方的权利和义务。然而，从您提供的参考信息中，我们并没有直接看到关于“落户协议”合法性的明确表述。不过，我们可以从以下几个方面进行推断和分析：

1. 政策依据：

   • 参考信息中提到了南京市公安局发布的《关于合法稳定住所落户有关事项的通知》，该通知明确规定了合法稳定住所落户的适用范围、适用对象、办理要求等。这表明，在南京市，落户是有明确的政策依据和规定的。

2. 合法稳定住所的定义：

   • 通知中明确指出，“合法稳定住所”仅指通过购买、继承、受赠等取得合法所有权的住宅用房。这意味着，只有符合这一条件的住所才能作为落户的依据。

3. 落户的办理要求：

   • 通知详细列出了办理户口迁移所需的申请材料，包括入户申请书、居民户口簿、居民身份证以及合法稳定住所材料等。这些要求确保了落户过程的合法性和规范性。

4. 协议的合法性：

   • 虽然通知中没有直接提及“落户协议”的合法性，但我们可以推断，如果落户协议的内容符合相关法律法规和政策要求，且双方当事人在自愿、平等、协商一致的基础上签订，那么该协议应该是具有法律效力的。

5. 建议与咨询：

   • 如果您具体涉及到落户协议的问题，建议咨询当地的户籍管理部门或法律专业人士，以获取更具体、更准确的法律意见。

综上所述，虽然参考信息中没有直接提及“落户协议”的合法性，但我们可以根据相关政策、规定以及一般法律原则进行推断。在符合相关法律法规和政策要求的前提下，落户协议应该是具有法律效力的。然而，具体情况还需根据协议的具体内容和当地的法律法规进行具体判断。