破坏永久基本农田的立案标准主要依据《中华人民共和国刑法》、《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》，以及《最高人民法院关于审理破坏土地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》来确定。以下是详细的立案标准：

一、立案标准的法律依据

1. 《中华人民共和国刑法》第三百四十二条：

   • 非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，将受到法律的制裁，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

2. 《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》第六十七条：

   • 明确了非法占用基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上等情形，属于“数量较大，造成大量毁坏”，应予立案追诉。

3. 《最高人民法院关于审理破坏土地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》：

   • 进一步细化了破坏土地资源的具体情形，包括非法占用并毁坏基本农田五亩以上、基本农田以外的耕地十亩以上等，这些行为将构成犯罪。

二、立案标准的具体内容

• 非法占用并毁坏基本农田：

  • 面积达到或超过五亩，即构成犯罪。

• 非法占用并毁坏基本农田以外的耕地：

  • 面积达到或超过十亩，即构成犯罪。

• 非法占用并毁坏特定类型的林地：

  • 如防护林地、特种用途林地，面积达到或超过五亩，即构成犯罪。
  • 其他类型的林地，面积达到或超过十亩，即构成犯罪。

• 破坏行为的形式：

  • 包括但不限于建窑、建坟、建房、挖沙、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或进行其他非农业建设，这些行为导致土地种植条件严重毁坏或污染，即构成犯罪。

三、实际应用与指导意义

在实际操作中，司法机关会根据上述法律规定和司法解释，结合具体情况来判断是否构成破坏基本农田的犯罪。一旦构成犯罪，将依法进行立案追诉，并根据犯罪情节的严重程度，给予相应的刑事处罚。

因此，对于任何单位或个人而言，都应严格遵守土地管理法规，保护永久基本农田不受破坏。如有违反，不仅可能面临法律的制裁，还会对生态环境和农业生产造成不可逆转的损害。同时，也建议相关部门加强监管和宣传，提高公众对保护永久基本农田的认识和意识。