将店铺租给做医疗机构是否合法，取决于该医疗机构是否具备合法的执业资格和许可。具体分析如下：

1. 医疗机构的执业资格：

   • 根据相关法律法规，医疗机构必须取得相应的执业资格或许可才能合法运营。这包括但不限于《医疗机构执业许可证》等。
   • 如果医疗机构未取得必要的执业资格或许可，那么将其店铺租给这样的机构进行医疗活动将是违法的。

2. 租赁合同的合法性：

   • 在签订租赁合同时，双方应明确租赁用途，并确保该用途符合法律法规的规定。
   • 如果租赁合同中明确约定了店铺用途为医疗机构，且该机构具备合法的执业资格，那么租赁合同本身是合法的。

3. 法律后果：

   • 如果将店铺租给无执业资格的医疗机构，一旦被发现，不仅租赁合同可能被视为无效，出租方还可能面临相应的法律责任，包括但不限于行政处罚、民事赔偿等。
   • 同时，无执业资格的医疗机构也可能因其非法行医行为而受到严厉的法律制裁，包括责令停止执业活动、没收非法所得和药品、器械，以及罚款等行政处罚；情节严重的，还可能构成非法行医罪，面临刑事处罚。

综上所述，将店铺租给做医疗机构是否合法，关键在于该机构是否具备合法的执业资格和许可。出租方在签订租赁合同前，应仔细核实医疗机构的执业资格和许可情况，以确保租赁合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。