在刑事案件中，如果被告人不配合进行DNA鉴定，这确实是一个比较复杂的问题。首先，我们需要明确的是，DNA鉴定在刑事案件中往往具有非常重要的作用，它可能直接关系到案件的定罪量刑以及事实的查清。

对于被告人不配合DNA鉴定的情况，处理起来需要分情况讨论：

1. 若被告人有正当理由不配合：

   • 例如，被告人可能因身体原因、健康状况或其他合理理由无法配合进行DNA鉴定。在这种情况下，被告人或其辩护律师可以向法院提出书面申请，说明不配合的具体原因，并请求法院进行考量。
   • 法院在收到申请后，会综合考量被告人的身体状况、案件的实际情况以及DNA鉴定对案件处理的重要性，决定是否继续进行DNA鉴定或采取其他替代措施。

2. 若被告人无正当理由拒绝配合：

   • 在这种情况下，法院可能会根据现有的证据材料，结合案件的其他事实，进行综合判断。如果DNA鉴定对案件的定罪量刑至关重要，且被告人无正当理由拒绝配合，那么这可能会对被告人的量刑产生不利影响。
   • 同时，法院也可能会考虑采取一些强制措施，如强制采样等，以确保案件的公正处理。但需要注意的是，强制措施的使用需要严格遵循法律规定，并确保被告人的合法权益不受侵犯。

此外，对于被告人不配合DNA鉴定的行为，司法机关也会进行充分的法律释明和沟通工作，以消除被告人的顾虑和误解，尽力争取其配合。如果被告人仍然坚持不配合，那么司法机关将依据现有证据和法律规定进行综合判断，并确保案件的公正、公平处理。

总的来说，刑事案件中被告人不配合DNA鉴定的处理需要综合考虑多种因素，包括被告人的身体状况、案件的实际情况、DNA鉴定对案件处理的重要性以及法律程序的规定等。司法机关会尽力确保案件的公正、公平处理，并维护被告人的合法权益。