针对您提出的“员工代签了检察院寄给公司的快递怎么处理”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，检察院以检察专递方式邮寄送达的检察法律文书，与人民检察院直接送达具有同等法律效力。因此，处理这类快递时，应等同于处理正式的法律文件。

现在，我们根据具体情况来分析：

1. 确认代签情况：

   • 首先，需要核实员工代签的具体情况，包括代签的原因、是否有授权、以及代签后是否及时将快递转交给公司相关部门或负责人。

2. 法律后果分析：

   • 如果员工是在未经授权的情况下擅自代签，这可能构成对公司正常收件流程的干扰，甚至可能涉及法律责任。在这种情况下，公司应尽快与检察院联系，说明情况，并请求重新发送或确认法律文书的送达情况。
   • 如果员工是在得到授权或误以为是常规工作而代签，且随后及时将快递转交给了公司相关部门，那么这种代签行为可能只是内部的流程小失误，但公司仍需确保法律文书的正式处理。

3. 正式处理流程：

   • 接收确认：公司应正式确认收到检察法律文书，并检查文书的完整性和准确性。
   • 内部流转：将法律文书转交给公司法务部门或负责处理法律事务的部门，以便他们进行后续的法律分析和处理。
   • 回复检察院：如果需要，公司应向检察院回复确认收到文书，并按照文书中的要求或指示进行后续操作。
   • 内部审查：公司应审查员工的代签行为，确保类似情况不再发生，特别是涉及法律文件的重要快递。

4. 预防措施：

   • 加强员工培训，确保所有员工都了解处理公司快递特别是法律文书的正确流程。
   • 设立专门的收件人或收件部门，负责接收和处理所有重要的法律文件。
   • 定期与快递公司沟通，确保快递的准确、及时送达，并了解快递的签收情况。

综上所述，处理员工代签检察院寄给公司的快递时，公司应首先确认代签情况，分析可能的法律后果，然后按照正式的处理流程进行操作，并采取必要的预防措施以避免类似情况再次发生。