信用卡恶意透支立案后，仍然可以与银行进行协商。以下是对这一问题的详细解答：
一、协商的可能性
即使信用卡恶意透支已经被立案，只要持卡人有还款意愿，并表现出积极的还款态度，就可以在法院立案后进行应诉，同时主动与银行协商新的还款计划。银行在考虑到持卡人的还款能力和实际情况后，有可能会给予一定的宽限期或减免部分费用。
二、协商的具体步骤
了解法律后果：首先，持卡人应明确恶意透支的严重性，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，恶意透支可能会面临刑事处罚。因此，持卡人需积极配合调查，并尽快采取行动。
全额还款或部分还款：尽快筹集资金，尝试一次性还清所欠款项，包括本金、利息及可能产生的滞纳金等费用。如果无法一次性还清，也应尽量偿还部分欠款，以表明还款意愿。
主动与银行联系：主动与发卡银行联系，说明情况，表达还款意愿，并尝试协商制定分期还款计划或其他解决方案。银行可能会根据持卡人的实际情况，给予一定的宽限期或减免部分费用。
配合调查：如实向公安机关陈述案情，提供相关证据材料，如交易记录、还款凭证等。积极配合公安机关的侦查工作，不要逃避或隐瞒事实。
三、协商的注意事项
态度诚恳：在与银行协商时，态度要诚恳，表明自己的还款意愿和实际情况，争取银行的理解和支持。
提供证明：如有必要，可以提供相关证明材料，如收入证明、资产证明等，以证明自己的还款能力。
遵守协议：一旦与银行达成协商，应严格遵守协议内容，按时还款，避免再次逾期。
四、法律后果与警示
如果持卡人未能与银行达成协商或未按协议还款，可能会面临更严重的法律后果，包括但不限于刑事处罚、高额罚息、信用受损等。因此，持卡人应务必重视信用卡的使用和还款，避免陷入不必要的法律纠纷。
综上所述，信用卡恶意透支立案后仍然可以与银行进行协商。持卡人应积极了解法律后果，采取相应措施，并主动与银行联系协商还款计划。同时，也应遵守相关法律法规和协议内容，维护自己的信用记录和合法权益。