关于“医疗费赔偿是否会扣除保险公司垫付的钱”这个问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
一、交强险的垫付与赔偿
在交通事故中，如果符合交强险的垫付情形（例如驾驶人未取得驾驶资格、醉酒驾驶、被保险机动车被盗抢期间肇事等），交强险会先行垫付抢救费用。此后，对于交通事故中应由交强险承担赔偿责任的部分，保险公司会在责任限额范围内，对合理且必要的医药费等损失进行正常赔付。这里需要明确的是，交强险的赔偿与是否垫付并无直接关联，只要属于赔偿范围且未超出责任限额，保险公司就应予以赔付。
二、商业险的垫付与赔偿
一般情况：
- 在商业保险（如商业三者险等）中，垫付与赔偿是两个独立的概念。垫付通常是在紧急情况下，为保障伤者得到及时救治而提前支付的费用。
- 最终的赔偿则会根据保险合同条款、事故责任认定等情况，对符合约定的医药费进行核算并赔付。
- 只要事故损失在商业险的责任限额内且属于保险责任范围，扣除免赔额等应扣减的部分后，保险公司会进行相应赔偿。
特殊约定：
- 部分商业保险合同可能包含特别约定，例如如果垫付费用已涵盖合同约定的赔偿范围或达到赔偿限额，则后续可能不再进行额外赔偿。
- 因此，在具体案件中，需要仔细审查保险合同条款，以确定是否存在此类特殊约定。
三、垫付费用的处理
- 保险公司会对垫付的医药费进行审核，确认其是否属于保险赔偿范围，包括判断受伤原因是否在保险责任范围内以及费用的合理性等。
- 为核实垫付医药费的真实性和必要性，保险公司会收集医疗证明、费用清单等资料。
- 在计算赔偿金额时，保险公司会依据保险条款和相关法律法规，通常以实际垫付的医药费为基础，扣除免赔额或按一定比例赔付。
- 赔偿款项会支付给垫付医药费的一方，如医疗机构或伤者本人，以确保赔偿的及时性和准确性。
四、结论
综上所述，保险公司在垫付医药费后，通常会根据保险合同和相关法律法规的约定进行后续赔偿。但具体赔偿情况需综合考虑合同条款、事故责任及法律规定等多个因素来确定。因此，在处理医疗费赔偿问题时，建议仔细审查保险合同条款，并咨询专业保险机构或法律顾问以获取更准确的解答。