部队退休干部生前手写遗嘱，部队军事法院能认定其合法性，但具体还需根据遗嘱内容和形式是否符合法律规定来判断。以下是详细分析：
遗嘱的合法性判断标准：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，遗嘱人必须具有立遗嘱能力，遗嘱内容必须是遗嘱人的真实意思表示，且遗嘱中处分的财产必须是遗嘱人合法所有的财产。同时，遗嘱中不得取消缺乏劳动能力又没有生活来源的继承人的继承权。
- 遗嘱的形式也需要符合法律规定，如打印遗嘱需要有两个以上见证人在场见证，遗嘱人和见证人应当在遗嘱每一页签名，注明年、月、日。而手写遗嘱（即自书遗嘱）则需要由遗嘱人亲笔书写，签名，注明年、月、日。
部队军事法院对遗嘱的认定：
- 部队军事法院作为国家的审判机关，有权对遗嘱的合法性进行认定。在认定过程中，法院会依据上述法律规定的遗嘱合法性判断标准，对遗嘱的内容、形式以及遗嘱人的身份、财产状况等进行全面审查。
- 如果遗嘱符合法律规定的各项要件，部队军事法院会认定其合法有效，并按照遗嘱的内容进行遗产分配。如果遗嘱存在违法或无效的情形，法院则会依法驳回相关诉讼请求或作出其他相应裁判。
特殊情况下的处理：
- 如果遗嘱涉及部队特有的财产或权益（如军产房、军人保险等），部队军事法院在认定遗嘱合法性时，可能会考虑到部队的相关规定和政策。因此，在处理这类遗嘱时，需要特别注意与部队相关部门的沟通和协调。
综上所述，部队退休干部生前手写遗嘱的合法性可以由部队军事法院进行认定，但具体还需根据遗嘱的内容和形式是否符合法律规定来判断。如果遗嘱人需要立遗嘱或处理相关遗产问题，建议咨询专业律师以确保遗嘱的合法性和有效性。