针对“船舶未经批准擅自进入水域怎么处罚”的问题，我可以给出以下详细的解答：
结论前置：船舶未经批准擅自进入水域，将依据具体情节和相关法律法规对船舶负责人及有关责任人员进行处罚，可能包括罚款、拘留等行政处罚。
详细解答：
依据《中华人民共和国治安管理处罚法》：
- 船舶擅自进入、停靠国家禁止、限制进入的水域或者岛屿的，对船舶负责人及有关责任人员处五百元以上一千元以下罚款。
- 情节严重的，处五日以下拘留，并处五百元以上一千元以下罚款。
依据《中华人民共和国海上交通安全法》及相关规定：
- 对于外国籍船舶而言，未经许可进入非对外开放水域，将依据《中华人民共和国海上交通安全法》第一百零七条进行处罚，即由海事管理机构对违法船舶的所有人、经营人或者管理人处五万元以上五十万元以下的罚款，对船长处一万元以上三万元以下的罚款。
处罚程序：
- 公安机关或海事管理机构在发现或接到举报后，将进行立案、调查、审查等程序。
- 在作出行政处罚决定前，会告知违法嫌疑人拟作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知其依法享有陈述权和申辩权。
- 行政处罚决定书将在规定时间内送达当事人，并执行相应的处罚措施。
法律建议：
- 船舶在航行前应仔细了解并遵守相关水域的进出规定，确保已获得必要的批准或许可。
- 如因紧急情况需要进入非对外开放水域，应及时向海事管理机构报告并接受指令和监督。
- 对于可能涉及的法律问题，建议船舶负责人及有关责任人员提前咨询专业律师，以便更好地了解自身权益和义务。
我是孙晓峰律师，专注于刑事辩护、合同纠纷、经济纠纷、交通事故、房产纠纷、知识产权等领域。如有任何相关法律问题，欢迎直接向我咨询。