关于依调查令取证第三方机构收取的费用由谁承担的问题，这通常需要根据具体的法律规定和实际情况来确定。以下是我的分析：

一般来说，依调查令取证的费用承担应遵循“谁申请，谁承担”的原则。也就是说，如果一方当事人为了证明自己的主张或反驳对方的主张，而向法院申请调查令并委托第三方机构进行取证，那么由此产生的费用通常应由该方当事人自行承担。这是因为取证是当事人为了维护自己的合法权益而进行的诉讼行为，其费用理应自行承担。

然而，在某些特殊情况下，费用的承担可能会有所不同。例如，如果法院认为某一方当事人的取证行为对于案件的审理具有重大意义，且该方当事人因经济困难等原因无法承担取证费用，法院可能会根据具体情况，决定由另一方当事人或由国家财政承担部分或全部费用。但这需要具体情况具体分析，并无法一概而论。

此外，还需要注意的是，不同地区的法院和司法实践可能会有所差异。因此，在实际操作中，建议当事人咨询当地的法院或专业律师，以了解具体的费用承担规定和操作流程。

综上所述，依调查令取证第三方机构收取的费用通常由申请方当事人承担，但在特殊情况下可能会有所不同。如有任何疑问或需要进一步了解，请直接向我咨询。