在处理非吸案（即非法吸收公众存款案）中的合法工程款时，核心原则是要确保这部分资金的合法性和独立性，避免其被非法活动所牵涉或混淆。以下是我根据您的提问，结合法律实务经验给出的详细解答：

1. 合法工程款的界定：

   • 首先，需要明确“合法工程款”是指与非法吸收公众存款活动无关，且确实因合法的工程建设项目而产生的款项。
   • 这部分款项应有明确的合同依据、支付凭证和相关的工程结算文件作为支撑。

2. 资金隔离与保护：

   • 一旦确定某笔款项为合法工程款，应尽快将其与非法吸收公众存款的资金进行隔离，确保不被混淆或挪用。
   • 可以考虑设立专门的账户来管理这部分资金，以确保其安全性和独立性。

3. 法律程序的遵循：

   • 在处理合法工程款时，应严格遵守相关的法律程序，包括但不限于合同法的相关规定，以确保资金的合法流转和使用。
   • 如遇法律纠纷或争议，应及时通过法律途径解决，避免影响工程款的合法性和使用。

4. 与监管机构的沟通：

   • 在处理非吸案中的合法工程款时，建议与相关的监管机构（如金融监管部门、建设部门等）保持密切沟通。
   • 及时向监管机构报告工程款的合法性和处理情况，以获取监管机构的指导和支持。

5. 风险防范与应对：

   • 要警惕非法吸收公众存款案件可能对合法工程款产生的负面影响，如资金被冻结、查封等。
   • 一旦发生此类情况，应立即采取措施进行应对，包括但不限于提出异议、申请解冻等。

综上所述，处理非吸案中的合法工程款需要谨慎而细致的工作。通过明确界定、资金隔离、遵守法律程序、与监管机构沟通以及风险防范与应对等措施，可以确保这部分资金的合法性和安全性。如有任何具体问题或疑虑，欢迎随时向我咨询。