合同主体变更通过补充协议约定是有效的，但前提是该变更符合相关法律规定，并且补充协议本身也具备法律效力。
分析说明：
合同主体变更的合法性：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同主体是可以变更的，但需要当事人协商一致，并且这种变更不得违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。因此，只要合同主体的变更满足这些条件，那么这种变更就是合法的。
补充协议的法律效力：补充协议是对原合同内容的补充或修改，只要补充协议的内容合法、有效，并且与原合同具有相同的法律效力，那么补充协议就是有效的。在合同主体变更的情况下，如果通过补充协议来约定这种变更，并且补充协议满足了上述条件，那么该补充协议就是有效的。
特殊情况：需要注意的是，如果补充协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者存在其他导致合同无效的情形（如欺诈、胁迫等），那么该补充协议将是无效的。同样，如果合同主体的变更本身违反了法律规定，那么这种变更也是无效的，即使通过了补充协议的约定。
结论补充说明：
因此，在合同主体变更时，通过补充协议来约定这种变更是一种常见且合法的方式。但务必确保补充协议的内容合法、有效，并且与原合同具有相同的法律效力。同时，也需要注意合同主体变更本身是否符合法律规定。如果有任何疑问或不确定的地方，建议咨询专业律师以确保合同的合法性和有效性。