两个公司签订合作协议是合法的。在我国，公司之间为了共同的目标或利益，可以签订合作协议来明确双方的权利和义务。这种合作形式在商业活动中非常常见，比如供应链合作、技术研发合作、市场拓展合作等。
一. 合法性分析
- 合同自由原则：根据合同法的基本原则，合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。只要合同内容合法、双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么合同就是有效的。公司之间的合作协议同样遵循这一原则。
- 公司行为能力：公司作为法人，具有独立的民事行为能力，可以与其他公司或个人签订合同。合作协议作为合同的一种，自然也在公司的行为能力范围内。
二. 法律依据
- 《中华人民共和国合同法》（虽已被《民法典》替代，但相关原则仍适用）第三条：“合同当事人的法律地位平等，一方不得将自己的意志强加给另一方。”
- 《中华人民共和国合同法》第四条：“当事人依法享有自愿订立合同的权利，任何单位和个人不得非法干预。”
- 《中华人民共和国民法典》第四百六十四条：“合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。”
三. 实际案例
- 例如，两家公司为了共同开发一款新产品，签订了一份技术研发合作协议。协议中明确了双方的投资比例、研发责任、知识产权归属等条款。这份合作协议不仅合法，而且有助于双方实现共赢。
综上所述，两个公司签订合作协议是合法的，只要合同内容合法、双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么这份合作协议就是有效的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。