民营自来水企业对政府水库清淤工程刁难行为，如果构成妨碍公务或破坏公共设施等情形，则可能属于违法行为。具体分析如下：

一. 妨碍公务的可能性

1. 法律依据：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十条，有下列行为之一的，处警告或者二百元以下罚款；情节严重的，处五日以上十日以下拘留，并处五百元以下罚款：（一）拒不执行人民政府在紧急状态情况下依法发布的决定、命令的；（二）阻碍国家机关工作人员依法执行职务的；（三）阻碍执行紧急任务的消防车、救护车、工程抢险车、警车等车辆通行的；（四）强行冲闯公安机关设置的警戒带、警戒区的。

2. 应用分析：若民营自来水企业通过对政府水库清淤工程进行刁难，实际上阻碍了国家机关工作人员（如水利部门工作人员）依法执行清淤公务，那么该行为就可能构成妨碍公务，属于违法行为。

二. 破坏公共设施的可能性

1. 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第三百三十九条，违反国家规定，破坏公共设施，危害公共安全，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。

2. 应用分析：水库作为重要的公共设施，其清淤工程对于保障水库的正常运行和公共安全具有重要意义。如果民营自来水企业的刁难行为导致清淤工程无法顺利进行，甚至造成水库设施损坏或安全隐患，那么该行为就可能构成破坏公共设施罪，属于刑事违法行为。

三. 总结与建议

• 总结：民营自来水企业对政府水库清淤工程刁难行为，如果构成妨碍公务或破坏公共设施等情形，则可能属于违法行为。具体是否违法，需要根据实际情况和相关法律法规进行综合判断。
• 建议：如遇此类情况，政府相关部门应及时介入调查，并根据调查结果依法处理。同时，民营自来水企业也应增强法律意识，积极配合政府工作，共同维护公共设施的安全和正常运行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。