对于航道工程未经竣工验收合格就擅自投入使用的情况，这确实是一种违法行为，并且会受到相应的行政处罚。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据

根据相关法律法规（虽然参考信息中未直接提及航道工程的具体法规，但可参照类似的建设工程质量管理条例），未经竣工验收合格擅自使用航道工程是违法的。这通常涉及到对公共安全、工程质量及合规性的严重忽视。

二、行政处罚措施

1. 责令改正：首先，相关部门会责令建设单位或责任人立即停止使用，并按照要求进行竣工验收。

2. 罚款：根据违法行为的严重程度，建设单位或责任人将面临不同额度的罚款。罚款的具体数额通常会根据工程合同价款的一定比例来确定，比如可能处以工程合同价款2%至4%的罚款。罚款的具体比例会根据违法行为的轻微、一般或严重程度来划分：

   • 轻微违法行为（如小型工程或涉案工程面积较小）：处工程合同价款2%以上2.5%以下的罚款。
   • 一般违法行为（如中型工程或涉案工程面积适中）：处工程合同价款2.5%以上3.5%以下的罚款。
   • 严重违法行为（如大型工程、涉案工程面积巨大或造成严重危害后果）：处工程合同价款3.5%以上4%以下的罚款。

3. 赔偿责任：如果擅自使用航道工程造成了损失，建设单位或责任人还需要依法承担赔偿责任。

三、办理流程与机构

• 办理机构：在深圳市，这类行政处罚由深圳市交通运输局负责实施。
• 办理地点：具体的办理地点如深圳市福田区北环大道7008号通业大厦南塔一楼等（根据参考信息提供）。
• 办公时间：通常是法定工作日上午9:00-12:00，下午14:00-18:00。
• 预约与咨询：可以通过提供的电话（如0755-26087904）或在线预约地址进行预约和咨询。

四、建议与提醒

• 合规意识：建设单位应增强合规意识，严格按照法律法规和工程规范进行建设和验收。
• 及时整改：一旦被发现存在未经竣工验收擅自使用的情况，应立即停止使用并积极配合整改。
• 法律咨询：如果面临行政处罚或有其他法律疑问，建议咨询专业律师以获取法律帮助。

综上所述，航道工程未经竣工验收合格擅自投入使用是违法的，并且会受到相应的行政处罚。建设单位应严格遵守相关法律法规，确保工程质量和公共安全。