单位利用员工休息时间组织技能培训，其合法性与否需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 合法性分析：

   • 一般情况：根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。若单位未经与劳动者协商，频繁在休息时间组织培训，可能侵犯劳动者的休息权，此时不合法。
   • 特殊情况：在某些紧急或特殊工作要求下，如应对行业变革、生产安全事故等，单位可与劳动者协商后，在休息时间组织培训。此时需确保培训的必要性和紧迫性，并尽量减少对劳动者休息的影响，此时合法。

2. 报酬支付问题：

   • 若单位在休息时间组织培训且要求劳动者必须参加，此情况应视为加班。根据《劳动法》第四十四条，用人单位应支付相应的加班报酬。
   • 单位也可与劳动者协商，在后续安排补休以替代加班报酬，但补休时间应与培训占用的休息时间相等，并确保劳动者同意此安排。

3. 建议与措施：

   • 劳动者：应与单位进行友好协商，表达对于休息时间被占用的关切，并要求单位支付加班报酬或安排补休。若协商无果，可向单位的人力资源部门或工会提出正式投诉，仍无法解决时，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。
   • 单位：在组织培训时，应充分考虑劳动者的休息权益，避免频繁或长期占用休息时间。同时，应增强法律意识，了解并遵守相关法律法规，确保劳动关系的和谐稳定。

综上所述，单位利用员工休息时间组织技能培训的合法性与否，需根据具体情况进行综合判断。在处理此类问题时，应注重保护劳动者的合法权益，同时也应考虑单位的实际需求和工作安排。若你有进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。