土地征收程序是否合法，主要由县级以上地方人民政府及其自然资源部门等相关部门认定。具体分析如下：

1. 征收主体与实施：

   • 根据相关法律规定，土地征收的主体是国家，具体由市、县级人民政府负责实施。这些政府不仅负责本行政区域的土地征收与补偿工作，还通过确定的房屋征收部门或自然资源部门来组织执行相关任务。
   • 征收程序必须严格遵循法定流程，包括征地报批前的工作程序、征地报批材料组卷以及征地批准后的组织实施程序等。

2. 合法性认定：

   • 前期调查与评估：自然资源部门会承担拟征收土地现状调查和社会稳定风险评估的任务，并编制征地补偿安置方案。这一环节是判断征收程序是否合法的重要依据之一。
   • 审批程序：土地征收必须经国务院或省、自治区、直辖市人民政府批准，并依照法定程序进行公告和组织实施。未经批准或未按照法定程序进行的征收行为，将被视为违法。
   • 补偿与安置：征收部门需与被征地者签订补偿安置协议，并确保补偿标准合理、安置方式妥善。若补偿标准过低或安置方式不合理，也可能导致征收程序被认定为不合法。
   • 监督与反馈：农业农村部门会监督农村集体经济组织内部征地补偿安置费用的分配和使用，确保资金合理分配。同时，被征地者也有权对征收程序提出异议或申请行政复议、行政诉讼等法律救济途径。

3. 相关部门职责：

   • 自然资源部门：除了前期调查与评估外，还负责办理农用地转用审批手续及土地征收的具体组织工作。
   • 市、县级人民政府：作为征收主体，负责发布土地征收公告、组织签订补偿安置协议，并处理难以达成协议的情况。
   • 农业农村部门：监督补偿安置费用的分配和使用。
   • 人力资源和社会保障部门：负责制定和实施被征地农民的社会保障方案。

综上所述，土地征收程序的合法性主要由县级以上地方人民政府及其自然资源部门等相关部门通过严格的法定程序和监督机制来认定。若您对土地征收程序存在疑问或认为其不合法，可及时向南辉律师咨询，以维护您的合法权益。